Les pèlerinages sur le tombeau du martyr se succédèrent. La crypte où se trouvait son tombeau connut l’affluence des pèlerins venant s’y recueillir et puiser de l’eau dans le puits creusé dans la crypte même. Des documents datant de 1188 et 1262 attestent que les papes Clément III et Urbain IV sont intervenus concernant la gestion de la collégiale.

 C’était alors une église romane qui, au XIII° siècle, pour des raisons que l’on ignore, fut détruite et remplacée par l’édifice actuel, certains éléments, comme les soubassements, étant remployés, tandis que la crypte était bien sûr préservée, sous le chœur.

 

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Aujourd’hui encore, on peut voir, à la croisée du transept, d’imposants piliers dont on pense qu’ils supportaient, jadis, une tour-lanterne. En 1297, le roi de France Philippe IV le Bel entra en conflit avec le comte de Flandre, Guy de Dampierre, qui s’était révolté. Seclin avait choisi son camp, celui du comte qui était un généreux donateur pour la collégiale et l’hospice Notre-Dame. Quand l’armée royale s’approcha, la garnison comtale s’enfuit précipitamment vers Lille, accompagnée par le doyen du Chapitre qui garda par devers lui le sceau du Chapitre. Les religieux en furent fort mécontents et, en avril 1298, ils en établirent un nouveau.  C’est en juin 1297 que l'armée royale entra dans Seclin qu’elle incendia, y compris la collégiale ; vases sacrés, habits sacerdotaux et précieuses archives se retrouvèrent aux mains des envahisseurs. Les chanoines avaient mis en sécurité les ossements de saint Piat mais son crâne, probablement déposé dans un reliquaire ou une châsse, fut emporté avec les autres larcins. En janvier 1300, Philippe le Bel publia une ordonnance qui exigeait que ceux qui possédaient des reliques de saint Piat, ou les objets dérobés, rendent ceux-ci au plus vite. Les dégâts causés à la collégiale avaient été considérables ; en effet, le pape Benoît XI, le 21 novembre 1303, fit savoir qu’il accorderait une indulgence « à tous les fidèles des villes des diocèses de Tournai, Thérouanne et Cambrai qui, par leurs aumônes et leurs dons, contribueraient à la réparation de l’église Saint-Piat, que le Prévôt et le Chapitre se proposent de réédifier somptueusement ». L’année suivante, le roi en personne rassembla une armée, avec le dessein de prendre Lille, afin d’en terminer avec la rébellion qui perdurait. Une bataille opposa les deux camps, à Mons-en-Pévèle, le 18 août 1304, au cours de laquelle les Flamands furent battus. C’est ainsi qu’en août 1304, Seclin étant toujours resté fidèle au comte de Flandre, subit une fois encore la fureur royale. Aucun document n’existe pour savoir si le crâne de saint Piat avait été rendu suite à son ordonnance de 1303. En 1309, la relique se trouvait à Gamaches, près d’Abbeville et il fallut une intervention de la comtesse de Dreux, dont Gamaches dépendait, pour que crâne du martyr soit enfin rendu aux chanoines ; cela fut constaté par l’évêque d’Amiens, le 15 août 1309… Au tout début du XV° siècle, une nouvelle façade remplaça celle d’origine ; il en fut de même, pour la tour-clocher, en 1431 (c’est cette date qui figure actuellement sur le clocher). Au XVIII° siècle, pour suivre la mode du temps, des transformations eurent lieu dans le chœur. Puis vint la Révolution et encore des guerres. Dans la nuit du 16 au 17 octobre 1918 les Allemands dynamitèrent le clocher qui, en s’écroulant, détruisit la toiture et la partie sud du vénérable édifice ; la reconstruction fut entreprise à la fin des années 1920. En 1940, de nouveaux obus allemands endommagèrent une fois de plus la collégiale…